El IMIT surge a partir de la consolidación de varios grupos de investigación que estaban desarrollando sus tareas en el Dpto. de Física de FCENA-UNNE y cuyas líneas de investigación convergían en los dos aspectos centrales que identifican al Instituto: El Modelado y la Innovación Tecnológica.
Originalmente se pensó en participar de manera asociada a otros grupos del país. Sin embargo al darse las condiciones de creación de nuevas Unidades Ejecutoras como política de CONICET, se decidió impulsar su creación, ya que se contaba con las condiciones mínimas para ello.
El IMIT se creó en un lugar prácticamente sin tradición científica en su área de trabajo, ya que no existía en la región NEA ninguna UE de CONICET con líneas de investigación en las grandes áreas de Física y Química. Por tanto se consideró que la creación de este Instituto potenciaría el crecimiento y la consolidación de recursos humanos trabajando en áreas de investigación centradas en Ciencias Físicas y Naturales.
Se podría decir que una de las piedras fundamentales para la creación de este Instituto fue el desarrollo de la tesis doctoral de quien es actualmente el director del IMIT (1985-2001). Con beca de CONICET realizó un doctorado “a distancia” en la UBA.
Alrededor de sus trabajos se fueron congregando estudiantes de las Licenciaturas en Física y en Química de la FCENA. El apoyo incondicional de investigadores de las áreas de Física y Química con residencia en Buenos Aires y La Plata, hicieron que se desarrollaran varias tesis doctorales de nivel adecuado como para que los recientemente doctorados ingresaran a la CIC de CONICET.
Todos ellos optaron por aportar al lugar y continuar aquí su carrera científica.